Секвенирование
Комплексные решения для молекулярно-генетических задач.
Платформа для секвенирования ДНК Genolab M разработана и производится ведущим китайским производителем в области генетических исследований и молекулярной диагностики GeneMind BioScience.
Компания GeneMind BioScience была основана в 2012 г. и сейчас входит в число немногих компаний мира, которые предлагают не только новые бренды приборов, но и собственные технологии секвенирования.
Комплекс «Оборудование-реагенты-проточная ячейка-программное обеспечение» - это не просто набор приборов, а единое платформенное решение, оптимизированное для удобства работы пользователя.
Genolab M – эффективная, гибкая и универсальная высокопроизводительная платформа для секвенирования.
В основе работы прибора лежит принцип секвенирования путем синтеза:
- одноцепочечные фрагменты ДНК закрепляются на твердой подложке;
-ДНК-зависимая ДНК полимераза синтезирует комплементарную цепь;
- встраивание каждого нового нуклеотида регистрируется при помощи камеры.
Такой подход обеспечивает высокую скорость, гибкость, точность и низкую стоимость секвенирования. Каждая ячейка может быть загружена независимо от второй, поэтому два чипа могут работать параллельно с разными образцами или типами секвенирования, что позволяет сократить время работы прибора и расширить сферы его применения в рамках одного эксперимента.
Преимущества:
- Гибкость: разные режимы запусков,
- Эффективность: возможно два независимых запусков одновременно,
- Совместимость: можно секвенировать любые библиотеки, совместимые с платформой Illumina,
- Универсальность: секвенирование и анализ данных для многих отраслей,
- Точность: выше 99,9%,
- Низкая стоимость: цена запуска значительно ниже, чем у других конкурентов,
- Удобство: понятные инструменты для биоинформатического анализа.
|
Показатели секвенирования |
|
|
Количество проточных ячеек за цикл |
2 (поддержка работы одной и двух проточных ячеек) |
|
Максимальное количество чтений за выпуск |
500 М (средняя производительность, два чипа FCM) |
|
Длина прочтений |
SE 75, SE 150, PE 75, PE 150 |
|
Максимальный объем данных за выпуск |
25-150 Гб (FCM) |
|
Продолжительность запуска |
2-48 ч |
|
Качество данных Q30 |
Q30>85% |
|
Точность |
>=99.9% |
Собственная запатентованная технология GenoLab M
SURF-seqTM – cеквенирование осуществляется с использованием четырех меченых разными флуорофорами нуклеотидов, 3”-конец которых заблокирован (обратимые терминаторы).
|
Высокая точность |
Высокий уровень интеграции |
Высокая совместимость |
|
Обратимые терминаторы не позволяют включать ДНК-полимеразу в более одно основание синтезируемой цепи за цикл. В сочетании с высокочувствительной системой обнаружения флуорисцентного сигнала, достигается высочайшая точность секвенирования. |
Амплификация матриц ДНК и секвенирование путем синтеза идет на поверхности чипа. Процесс секвенирования проходит циклически, параллельно на множестве чипов. |
Нет необходимости разрабатывать новые наборы для подготовки библиотек. Модификации поверхности чипа в сочетании с высокосовместимыми праймерами – адаптерами позволяют секвенировать основные библиотеки NGS. |
Ключевые технологии платформы для секвенирования ДНК:
- Аппаратное обеспечение. Высокочувствительная оптическая система.
- Высокая чувствительность позволяет детектировать одиночные молекулы ДНК.
- Стабилизированная четырехцветная оптика собственной разработки.
- Химия. Обратимые терминаторы и полимераза собственного производства.
- Уникальная структура нуклеотидов позволяет реализовывать технологию SBS (секвенирование путем синтеза).
- Есть возможность модифицировать и оптимизировать полимеразы.
- Проточная ячейка. Чип высокой плотности для секвенирования.
- Химический состав поверхности чипа обеспечивает высокую плотность и низкий фоновый шум.
- Есть возможность использовать праймеры с разными характеристиками для отдельных областей применения.
- Биоинформатика. Высокоскоростной алгоритм на основе машинного обучения.
- Необработанное изображение – машинное обучение – алгоритм Basecall.
- Программное обучение для биоинформатики разработано в соответствии с различными типами исследований (областями применений).
Таблица сравнительных характеристик:
|
Характеристики |
Illumina NextSeq 2000 |
Genemind Genolab M |
|
Прочтений за запуск |
100 – 1200 М |
250 - 1000 М |
|
Количество Q30 прочтений |
≥ 80% |
≥ 80% |
|
Длина прочтений |
PE 50 – 150 bp |
PE 50 –150 bp |
Спецификация:
|
Габаритные размеры |
≤1200 мм (Д)*685 мм (Ш)*595 мм (В) |
|
Масса |
≤280 кг |
|
Требования к электричеству |
220 В переменного тока ± 10 % (50/60 Гц) |
|
Рабочая сила тока |
≤2000W |
|
Рабочая среда |
|
|
Температура |
19℃-25℃ |
|
Влажность (относительная) |
20%-85% (без конденсации) |
|
Высочайшая скорость секвенирования
|
Благодаря усовершенствованной химии, а так же одновременному считыванию сигнала и прохождению химической реакции FASTASeq 300 выдает результаты в рекордно быстрое время
|
|
Широкие возможности мулитиплекса
|
Проточные ячейки FCM и FCH на 100 и 250 миллионов прочтений имеют 4 независимые дорожки, что позволяет увеличить количество образцов в одном запуске в 4 раза
|
|
Совместимость с TruSeq/Nextera
|
Готовьте библиотеки любыми наборами на базе TruSeq/Nextera
|
|
Доступность
|
Бесперебойные поставки в течение двух недель из Шэньчжэня до Москвы
|
Рабочие параметры FASTASeq 300:
|
Проточных ячеек на цикл |
1 (4 независимые дорожки) |
|
Максимальное количество прочтений на запуск |
100 М (проточные ячейки FCM), 250 М (проточные ячейки FCH) |
|
Длина прочтения |
SE 50, SE 75, PE 75, PE 150 |
|
Время секвенирования PE 150 |
21 час |
|
Общее время секвенирования PE 75 |
13 часов |
|
Общее время секвенирования SE 75 |
7 часов |
|
Общее время секвенирования |
5 часов |
Сравнение с конкурентами:
|
|
GeneMind |
MGI Tech |
Illumina |
|||||
|
|
FASTASeq300 |
GenoLab M |
DNBSeq-G50 |
iSeq 100 |
MiSeq |
|||
|
Примерная стоимость, RUB |
16 M |
36,5 M |
28M |
7M |
18 M |
|||
|
Название ячейки |
FCM |
FCH |
FCM |
FCH |
FCS |
FCL |
Flow cell |
Flow cell |
|
Количество ячеек на ран |
1 |
1 |
2 |
2 |
1 |
1 |
1 |
1 |
|
Количество независимых дорожек в ячейке |
4 |
4 |
1 |
1 |
1 |
1 |
1 |
1 |
|
Типы и длины ридов |
SE 50, SE 75, PE 75, SE 150, PE 150 |
SE 50, SE 75, PE 75, SE 150, PE 150 |
SE 75, SE 100, PE 75, PE 100, PE 150 |
SE 75, SE 100, PE 75, PE 100, PE 150 |
SE 100, PE 100, PE 150 |
SE 50, SE 100, PE 100, PE 150 |
SE 36, SE 50, PE 75, SE 75, PE 150 |
SE 36, PE 25, PE 150, PE 250, PE 300 |
|
Количество ридов на ячейку |
100М |
250М |
250М |
500М |
100М |
500М |
4М |
1-25М |
|
Количество ридов на ран |
100М |
250 М |
500М |
1000М |
100М |
500М |
4М |
1-50М |
|
Максимальная пропускная система |
37,5 Gb |
75 Gb |
150 Gb |
300 Gb |
30 Gb |
150 Gb |
1,2 Gb |
540 Mb -15 Gb |
|
Количество флуорофоров в химии |
4 |
4 |
4 |
4 |
2 |
1 |
4 |
|